أُسِّست كلية الأمير سلطان عام 1998م وفتحت أبوابها للطلاب في العام الذي يليه، وفي عام 2003م، قامت وزارة التعليم العالي بإعلان تحويلها إلى جامعة.

افتتح الجامعة صاحب السمو الملكي الأمير سلطان بن عبدالعزيز آل سعود، ولي العهد ونائب رئيس مجلس الوزراء ووزير الدفاع والطيران والمفتش العام في ذلك الوقت (رحمه الله). وقد شُيِّدت هذه الجامعة من قِبل مؤسسة الرياض الخيرية للعلوم، ومُنحت الترخيص من وزارة التعليم العالي بوصفها مؤسسة أكاديمية أهلية غير ربحية في مدينة الرياض.